許可なしで500万以上の仕事をしていたら罰則があるのですか?
罰則がある場合、どこの機関が罰則を与えにくるのですか?

大阪府  株式会社S 様
許可なしで建設業を営業していた場合は、建設業法第47条第1項第1号の規定により、「3年以下の懲役又は300万円以下の罰金」が科せられる可能性があります。

どこの機関が罰則を与えにくるかということですが、上記は刑事罰ですので、警察の捜査から裁判といった流れになると考えます。
上記以外に、行政処分(営業停止等)を受けることがありますが、これは、大阪府等の行政機関からになります。
ただ、警察や大阪府等が違反を常時見張っているのではなく、実際は何らかの揉め事や他の行政への申請から違法が発覚し、処分に至るというふうになることがほとんどだと思います。
ですから、特に何も行動しないのであれば罰則を受けることは少ないかとは思いますが、違法行為であることにかわりはなく、企業のコンプライアンスといった面でも問題があります。

※工事1件の請負代金の額が500万円に満たない工事については、軽微な建設工事として、許可を受けなくても建設業を営むことができます。(建築一式工事については、1500万円未満又は延べ面積が150屬頬たない木造住宅工事)
 ただし、解体工事については、軽微な建設工事であっても解体工事業の登録をする必要があります。